O Orçamento da Presidência da República é aprovado pelo Conselho Administrativo e enviado ao Governo para efeitos de inscrição das respetivas dotações na proposta de Orçamento do Estado a submeter à Assembleia da República, em cumprimento do disposto no n.º 1 do artigo 17.º da Lei n.º 7/96, de 29 de fevereiro.

O orçamento de funcionamento da Presidência da República visa dar cobertura a três atividades distintas desenvolvidas no âmbito do Órgão de Soberania, nomeadamente:

- Representação da República, onde se incluem as despesas com as remunerações relativas ao Gabinete do Presidente da República e das Casas Civil e Militar, bem como as despesas com as subvenções pagas aos anteriores Presidentes da República e ao pessoal dos seus gabinetes;

- Museu da Presidência da República, que inclui todas as despesas de funcionamento do Museu, criado em 2004, e do seu núcleo no Palácio da Cidadela de Cascais;

- Gestão Administrativa, que inclui as despesas com o restante pessoal e a aquisição de bens e serviços para o apoio administrativo ao funcionamento do Palácio de Belém (Órgão de Soberania, Casas Civil e Militar, Conselho de Estado, Conselho Superior de Defesa Nacional, Secretaria-Geral, Serviço de Apoio Médico e Centro de Comunicações), e do Palácio da Cidadela de Cascais, além das despesas com a atividade dos gabinetes dos anteriores Presidentes da República e da Chancelaria das Ordens Honoríficas Portuguesas.​