​O Arquivo tem a seu cargo a gestão do Arquivo Corrente – no que diz respeito à correspondência dirigida ao Presidente da República e ao Cônjuge -, do Arquivo Intermédio e do Arquivo Histórico da Presidência da República. 

No âmbito das suas competências tem como função apoiar tecnicamente, ao nível da organização dos seus arquivos, os diferentes serviços e órgãos da PR, receber e manter, em depósito, a documentação por eles produzida, realizar periodicamente - de acordo com o legalmente estipulado - a avaliação e seleção da documentação, procedendo à eliminação das séries documentais com prazos findos de retenção administrativa e transferir para Arquivo Histórico os documentos de conservação permanente. 

O Arquivo Histórico da Presidência da República mantém, gere, trata, descreve e assegura a conservação do espólio documental da Presidência da República - mais concretamente a documentação de natureza histórica produzida ou reunida pelos diferentes órgãos e serviços, desde 1911, no âmbito da atividade do Presidente e da Instituição - promovendo a preservação da Memória institucional e a disponibilização da documentação para consulta por investigadores e pelo público em geral. 

O fundo documental da Presidência da República é constituído por documentação produzida a partir de 1911, ano em que Teófilo Braga - a primeira personalidade da Chefia da República - passa a utilizar o Palácio de Belém para aí assinar documentos e receber individualidades. 

Ao longo dos primeiros 60 anos da sua existência, a Presidência da República é marcada por uma pouco significativa atividade institucional, o que se reflete na respectiva produção documental. Assim, para esse período, o espólio é, na sua grande maioria, constituído por documentos provenientes da atividade administrativa da Secretaria-Geral da Presidência da República e por alguma correspondência oficial e protocolar ligada à atividade dos Presidentes. 

Atualmente, o espólio do Arquivo Histórico da Presidência da República é constituído por fundos distintos: 

- FUNDO GERAL (1911-2016)

- FUNDO DO INSTITUTO DE PESQUISA SOCIAL DAMIÃO DE GÓIS (1981-1986)